１　会社法上，会社の機関としては以下のものが定められています。

株主総会

取締役・代表取締役

取締役会

監査役

監査役会

会計参与

会計監査人

各種委員会（指名委員会，監査委員会，報酬委員会）

執行役

監査等委員会

２　上記機関のうち，どの機関を設置するかは会社法に規定があります。

いくつかの組み合わせがありますが、どの組み合わせであっても，株主総会と取締役は必ず設置しなければなりません。

また，上部に記載している機関ほど小規模な会社を想定しており，下部に記載している機関ほど大規模な会社を想定しています。

スタートアップで想定される機関設計としては，

①株主総会+取締役

②株主総会+取締役会（取締役３名+そのうち１名を代表取締役に選出）+監査役

のどちらかが多いと考えられます。
①の場合であれば，取締役の判断でほとんどの業務を決定することができ，迅速かつ柔軟な事業運営を行うことができます。
②の場合であれば，意思決定を取締役会で決議する必要があるため，迅速な事業の運営は難しくなります。他方，複数の取締役で監視しあい，監査役による監査も行われるため， 信用が高くなり，出資を募ることや借り入れを行いやすくなるなど，資金調達を行いやすくなります。

基本的には，①の機関設計で事業を開始して，ある程度規模が大きくなって増資を考える場面において，②の機関設計に移行する方針でよいでしょう。
当初からある程度の規模で事業を始める場合や，第三者から出資を受ける場合などには，最初から②の機関設計で事業を始めることも考えます。

会社を設立する時点において，将来のビジョンや，それに基づいた機関設計を考えるようにしてください。